Պետք է նշել, որ Ծիծեռնավանքի օկուպացիայից հետո՝ 2021 թվականի փետրվարին տաճարում տեղի է ունեցել Խոջալուի զոհերի հիշատակի արարողություն, որի ժամանակ ուդի համայնքի անդամները մոմեր են վառել և աղոթել Խոջալուի զոհերի հոգիների համար (https://monumentwatch.org/hy/?s=%D5%AE%D5%AB%D5%AE%D5%A5%D5%BC%D5%B6%D5%A1%D5%BE%D5%A1%D5%B6%D6%84)։ Նույն ադրբեջանցիները մինչև Արցախի ազատագրումը Ծիծեռնավանքը գոմ էին դարձրել, հատակն ամբողջությամբ քանդել. այն ժամանակ այն Ադրբեջանի համար ուդիա-աղվանական չէր, այլ հայկական և պղծվում էր։
Արցախի ազատագրումից հետո հնարավոր եղավ հետազոտական աշխատանքներ և հնագիտական պեղումներ իրականացնել Ծիծեռնավանքում։ Նշենք նաև, որ դեռևս ՀՍՍՀ գիտությունների ակադեմիայի՝ 1947 թ. կազմակերպած գիտարշավի ընթացքում, պատմական Սյունիքի մի շարք հուշարձանների հետ ուսումնասիրվել է նաև Ծիծեռնավանքը (արշավախմբի պետ՝ Մ․ Հասրաթյան, ճարտարապետ՝ Լ. Սադոյան, տե՛ս Հասրաթյան 1980)։ Տաճարին անդրադարձել են նաև Ա․Սահինյանը (Սահինյան 1955, 104, 105) և Պ․ Կունեոն (Сunео 1967): Ծիծեռնավանքի վիմագրերով զբաղվել է Ս․ Կարապետյանը (Կարապետյան 1999, 148-151)։ Ի դեպ, այս ժամանակ վերականգնման աշխատանքներ չեն իրականացվել, ինչպես այդ մասին հայտարարում է Նատիգ Ալիշովը (https://azertag.az/xeber/agoglan_monastirinda_ermeni_saxtakarligi-2484113)․
Ծիծեռնավանքի վերականգնողական աշխատանքներն ու վերաօծումն իրականացվել են 2001 թ.՝ Քերոլայն և Ջորջ Նաջարյանների, Հակոբ և Ռուդի Ալթիփարմակյանների բարերարությամբ, Մեսրոպ Արքեպիսկոպոս Աշճյանի և Գուրգեն Մելիքյանի աջակցությամբ:
Այդ աշխատանքները նախապատրաստելու նպատակով 1997-1999 թթ. ձեռնարկվել է Ծիծեռնավանքի համալիր ուսումնասիրությունը, որի ընթացքում համալիրը պեղվել, չափագրվել է, կազմվել է եկեղեցու վերականգնման նախագիծը։
Պեղվել են կառույցի հյուսիսային և հարավային հրապարակները, սեղանատունը 700 ք.մ. ընդհանուր տարածքով և եկեղեցու աղոթասրահի հատակը։ Եկեղեցու շրջակայքում բացվել են հարյուրավոր գերեզմաններ, տապանաքարեր (Սիմոնյան, Սանամյան 2001, 203-205)։ Ի դեպ, Նատիգ Ալիշովը անօրինական hայտարարելով հնագիտական հետազոտությունները, առանց հիմնավոր ապացույցների բոլոր գերեզմանները վերագրել է աղվանական քրիստոնեական շրջանին, մինչդեռ տապանաքարերի մեծ մասն ունեն հայերեն վիմագրեր։ Եկեղեցու հարավային ճակատի արևմտյան մուտքի դիմաց հայտնաբերվել է Մարկոս Պարունտերի բազալտե, երկաստիճան հիմքով ուղղանկյունաձև ծավալով արձանագիր տապանաքարը (Սիմոնյան, Սանամյան 2001, 204)։
Պեղումներով բացահայտվել են եկեղեցու կենտրոնական և արևելյան մուտքերը միավորող, հարավային ճակատին կցված «ապաշխարհողաց գավիթը», որի հատակին, անմիջապես ժայռի վրա գտնվել է երեք հնոցներից կազմված արտադրական համալիր։ Եկեղեցուց հարավ ընկած հրապարակում հայտնաբերվել են առանձին շինությունների հիմնապատեր, նախնական պարիսպ-հենապատից մի հատված։ Ուշագրավ են հնագիտական գտածոները՝ հասարակ և ջնարակապատ, պաշտամունքային ու շինարարական խեցեղենի հարյուրավոր բեկորները, դրամները, ապակե, երկաթե և բրոնզե իրերը, մատանիները և այլն։ Հայտնաբերվել են նաև կղմինդրների բեկորներ, որոնք հետագա վերականգնման համար հիմք են ծառայել (Սիմոնյան, Սանամյան 2001, 203)։
Նախկինում էլ ասվել էր (Հասրաթյան 1980, 55), իսկ վերջին պեղումներն ու հետազոտություններն էլ փաստում են, որ Ծիծեռնավանքի եկեղեցին վաղ միջնադարում՝ IV -VII դարերի ընթացքում ենթարկվել է վերակառուցումների։ Եկեղեցին պահպանել է իր նախնական տեսքը՝ կրելով մասնակի փոփոխություններ իր հետագա գործունեության շուրջ մեկուկես հազարամյակի ընթացքում (Սիմոնյան, Սանամյան 2015, 171) (նկ․ 3)։
Ծիծեռնավանքի բազիլիկան «աղվանացվում» է այն հիմնավորմամբ, որ պիլոնների մեկ զույգը գտնվում է մուտքերից մեկի դիմաց, ինչը, իբր, չի հանդիպում «Հայաստանի և Վրաստանի քրիստոնեական ճարտարապետության մեջ» (Ахундов 1986, 224): Դեռևս 1980 թվականին Մ. Հասրաթյանը մեկնաբանելով այս «թյուրիմացությունը», գրում է, որ հեղինակը տեղյակ չլինելով Ծիծեռնավանքի պիլոնների վերակառուցման մասին, այդպիսի անհիմն ամփոփումներ է անում (Հասրաթյան 1980, 14)։ Մույթերի այդպիսի դիրքը մուտքերի նկատմամբ առաջացել է եկեղեցու նախնական փայտե ծածկը քարե թաղով վերակառուցելու արդյունքում (երբ «ուժեղացվել» են մույթերը)։ Այդ նույն պատճառով մույթերը գտնվում են մուտքերի դիմաց և վաղ միջնադարյան հայկական այլ բազիլիկաներում՝ Երերույք, Եղվարդ, Տեկոր (Kirakosyan 2024)։
Քարե թաղի ծանրությունը կրող երեք զույգ մույթերը փոխարինվել են չորս զույգ քառակուսի հատակագծով և ավելի լայն մույթերով։ Այս ժամանակ լայնացվել են նաև որմնամույթերը։ Սյուների քանակի ավելացումից փոքրացել է կամարների շառավիղը, ցածրացվել՝ դրանց վերին նիշը, ինչը հնարավորություն է ընձեռել, առանց լրացուցիչ աշխատանքների, նոր թաղը տեղավորել արևմտյան ճակտոնի տակ, չխաթարելով արտաքին ծավալատարածական լուծումները։ Այսօր գոյություն ունեցող հարավային սյունաշարը և կենտրոնական նավի թաղի պահպանված հատվածը այդ վերակառուցման արդյունքն են։ Ի դեպ, վերակառուցման շինարարական արձանագրությունը, որը տեղադրված էր հարավային մուտքի վերևում, ադրբեջանցիների կողմից պոկվել հանվել էր շարվածքից և անհետացել մինչ 1989-92 թվականները։ Մինչդեռ Ադրբեջանի «Կրոնական կազմակերպությունների հետ աշխատանքի պետական կոմիտե»-ն այդ անհետացումը վերագրում է հայկական կողմին (https://scara.gov.az/az/xeberler/print/agoglan-mebedi-v-vi-esrler-kosalar-kendi):
Դեռևս խորհրդային շրջանում իրականացված հետազոտությունները և ապա 1999-2001 թվականներին իրականացված հնագիտական պեղումներն ու ուսումնասիրությունները հաստատագրել են, որ 18-րդ դարի վերջին (վերակառուցման արձանագրության մեջ նշված 1779 թ․) Ծիծեռնավանքի եկեղեցում որոշ նորոգումներ են կատարվել։ Այս ժամանակին է վերաբերում նաև եկեղեցու խորանի տանիքի արևմտյան եզրին կառուցված վեց սյունանի, կոնաձև վեղարով զանգակատունը։ Նույն ժամանակ էլ վերակառուցվել և բարձրացվել է բեմը, ինչը ադրբեջանցի հեղինակները դա համարում են Ծիծեռնավանքի ներքին հարդարանքում հայերի կողմից արված անօրինական՝ ժամանակակից փոփոխություններ։
Հուշարձանախմբի վերականգնումն իրականացվել է դաշտային հետազոտական և չափագրական, ինչպես նաև արխիվային նյութերի համալիր քննության և համադրման արդյունքում։ (Այս համալիր ծրագիրը կատարել է ՀՀ պատմության և մշակույթի հուշարձանների պահպանության վարչության Հայկական հուշարձանների համահավաքի խմբագրության արշավախումբը։ Ծրագրի և պեղումների ղեկ.՝ Հակոբ Սիմոնյան, 1999-2001 թթ. չափագրման ու վերականգնման նախագծի կազմման՝ ճարատարապետական խմբի ղեկ.՝ Հովհ. Սանամյան, վերականգնման շին աշխատանքների ղեկ․՝ Գեորգի Առաքելյան, հնագետներ՝ Արտյոմ Հարությունյան, Վահագն Հովհաննիսյան, ճարտարապետներ՝ Գոռ Միքայելյան, Գրիգոր Նալբանդյան, Անդրանիկ Սարգսյան, Արմեն Թոփրաղալցյան, Մեսրոպ Հովհաննիսյան, Լուսինե Նիկողոսյան, Աննա Գասպարյան, արվեստաբաններ՝ Սամվել Հովհաննիսյան, Տիգրան Սիմոնյան, նյութաբաններ՝ Վահագն Իսրայելյան, Ռաֆայել Մաթևոսյան, երկրաբան՝ Գագիկ Խաչատրյան, կոնստրուկտոր՝ Կառլեն Քարամյան, մարդաբան՝ Ռուզան Մկրտչյան և ուրիշներ: Հուշարձանի համալիր ուսումնասիրությունն իրականացրած մասնագետների թիվը, տարբեր տարիների հանրագումարով կազմել է քսան մարդ)։
